隨著農業部對養殖廢棄物資源化利用的重視，發酵制作有機肥已經越來越受到重視。雖然有機肥可以自然發酵，但發酵時間比較長（一般需要1-3個月，主要是發酵溫度較低）采用發酵劑則可以大幅度縮短發酵時間，且發酵的質量更好，這就是為什么有機肥生產線設備一定要使用業發酵劑的原因，發酵時間的縮短與減少翻堆次數，直接節約大量場地與人工。

 國內大多數有機肥料只堆肥發酵15-20天，這樣的產品只能達到無害化標準。而達到標準的有機肥料堆肥發酵過程一般需要45-60天的時間。

這是因為在堆肥前期的升溫階段以及溫階段會殺死植物致病病原菌、蟲卵、雜草籽等有害微生物，但此過程中微生物的主要作用是新陳代謝、繁殖，而只產生很少量的代謝產物，并且這些代謝產物不穩定也不易被植物吸收。

到后期的降溫期，微生物才會進行有機物的腐殖質化，并在此過程中產生大量有益于植物生長吸收的代謝產物，這個過程需要45-60天。

經此過程的堆肥可以達到三個目的，一是無害化、二是腐殖質化、三是產生大量微生物代謝產物如各種抗生素、蛋白類物質等。

有機肥的發酵過程實際上就是各種微生物新陳代謝，繁殖的過程，微生物的新陳代謝過程即有機物分解的過程。